Varga Zoltán nem tartozott a népszerű vajdasági írók közé. Nem tudott s nem is akart az olvasóközönség ízléséhez vagy politikai elvárásokhoz alkalmazkodni. Viszont hitt az egyénileg kiküzdött élet igazságában s talán a küldetésében is: ezért válhatott a hatvanas évektől az egyetemes magyar irodalom egyik kiemelkedő írójává. Alkotói kivételességét rendkívüli életkörülményei határozták meg. A gyermekparalízis ugyanis gyermekkora óta tolókocsihoz szögezte, s az ő élettörekvése az volt, hogy e súlyos testi-lelki hátrányát szellemi-irodalmi előnnyé változtassa át.
Varga délvidéki íróink között a legteljesebb íróegyéniség, aki a regényírásban, a kisprózában, az esszében és a kritikában egyaránt kiemelkedőt alkotott. Művei ennek ellenére kultúrpolitikai okok miatt nem mindig kaphatták meg az őket illető elismerést. Varga túlságosan sokat tudott, s túl bátor volt a társadalmi problémák művészi megjelenítésében ahhoz, hogy a kritika egészen komolyan vehette volna.
Varga első két elbeszéléskötete (A kötéltáncos, Újvidék, 1963; Kirándulás, 1965) túl mélyről s ugyanakkor túl magasról szemléli az embert ahhoz, hogy megfelelhetett volna az aktualitásokra figyelő Symposion-nemzedék értékeszményének. Az ő elbeszéléseinek emberképe ugyanis statikus volt: hősei tetteinek mozgatórugója a fajban rejlett, nem pedig a társadalomban vagy a történelemben. Írónk a pszichológiai realizmus mestereként mutatkozott be, s az ember lehetőségeiről alkotott pesszimista történetei kezdetben megfeleltek a liberalizálódó kultúrpolitikának. E Varga-elbeszélések az embernek az önzésre ítéltetettségéről, a kíméletlenség szükségszerűségéről, az erősebb győz elvének mindenkori érvényességéről szóltak. Ám nem konkrét időbe és tájba ágyazott formában, hanem az örök emberinek a közegében, a szocializmus lehetőségeiről csak a legközvetettebb módon (a teljes tartózkodás által) mondva ítéletet.
Varga Zoltán elbeszélő művészete a kafkaizálódása által változtatta meg formateremtő módszerét. A Várószoba című kötetének (1968) történetei ugyanis többnyire már a fantasztikum világában játszódnak, s a szocializmus, illetve a bürokrácia elleni szatíraként íródtak. E parabolák célja, de nem mindig megvalósult erénye a vízió plasztikus realizmusa: a részletek kidolgozottsága, a nyelvi pontosság és a groteszk humor.
Ugyanennek a módszernek a szellemében született az írónak A méregkeverő (1966) című regénye. Annak ellenére, hogy ennek színterét egy kitalált ország alkotja, az időszerű társadalmi vonatkozásokra utaló modelljelleg átüt a mű szövetén, úgyhogy az mindenfajta forradalmiságnak, illetve szocializmusnak a lényegrajzaként olvasható. Az író elmélyült antropológiai tapasztalatának köszönhetően nem csupán érdekfeszítő cselekménye, hanem árnyalatérzékeny emberképe is van ennek a regénynek. A hangsúly az emberi lény eredendő korlátoltságán és a lelkiismeretes értelmiség mindenkori kiszolgáltatottságán, vagyis a társadalmi-erkölcsi haladás lehetetlenségén van. A magát a hatalomnak kényszerből eladó feltalálónak a példázata, s főleg a regény végén alkalmazhatatlannak bizonyult „juszticin” nevű gyógyszer iróniája (a JUSZ jugoszláv állami szabványt is jelent) ettől kezdve a gyanú árnyékát vetíti Varga társadalomerkölcsi magatartására.
A hatvanas évek egyetemista tüntetéseinek hatására és a minél teljesebb értelmiségi jelenlét érdekében, Varga Zoltán közvetlenebb valóságértékelésre is vállalkozik. Nem véletlenül jelent meg a Szökés című regénye csupán a Híd 1972-es évfolyamában, az író ugyanis a szociográfiához közeledve a társadalmi és a nemzetiségi kizsákmányoltság elevenjébe vág: a vajdasági város szocialista rothadásáról (egy magyartanár külföldre vezető útja kapcsán) készít olvasmányos diagnózist.
Mivel azonban ezt az alkotói utat a kultúrpolitika a hetvenes években újra elaknásította, ezért írónk visszakanyarodott a tartalmas rejtjelek birodalmába. De allegorizáló hajlandóságát most már nem kizárólag a fantasztikum elemeinek segítségével éli ki, mint ahogy a Tücsök a hangyabolyban című kötete (1980) tanúsítja, hanem az egyetemes művelődéstörténet különféle korszakaiban is, miként az a Hallgatás című könyvéből (1978) kitűnik. Mivel ennek történeteit stíluskísérleteknek fogta föl a cenzúra, ezért Híd-díjban részesülhetett, pedig a korhoz kötött és a mindenkori hatalom, valamint az alárendeltség szatíráiról, művészeti szintű tipológiakísérletekről van szó. A mítosz és a történelem keretet biztosított Varga Zoltán túláradó gondolatainak.
A hosszú évekig kiadhatatlan Indiánregény (1990) nem csupán egy életfilozófia esztétikailag is hatásos összegezése, hanem módszertani szintézis is. Földrajzilag távol eső tematikájú, realista történet, amely azonban nem csupán a nemzeti (etnikai) kisebbség tragikumát fejezi ki, hanem a mindig kisebbségben maradó erkölcsét, szellemét és sorsát is.
Az Indiánregény a maga posztmodern, amerikai szerző történetére támaszkodó formájában tár föl egy helyzetsorozatot, s ebben a kisebbségi ember lelki drámáját. A szerző elfogulatlansága akként jelentkezik, hogy Varga az önérvényesítésért folytatott harcot alapvetőnek tartja az erkölcsi fogalmakkal gondosan takargatott, de a tiszta ész előtt leplezetlen, csupasz életben. Erősek és gyöngék szerepelnek az ő regényében, s nem a jó vagy rossz tulajdonságokon, hanem a számbeli és a technikai fölényen múlik a fehérek rézbőrűek fölötti diadalmaskodása, részrehajló törvényeik érvényre juttatása.
Varga a drámái színpadi bemutatását illetően is hasonló nehézségekbe ütközött a hetvenes években, mint prózája megjelentetésében. Hiába írt még 1970-ben két figyelemre méltó drámát – Péntek, Szombat, Vasárnap, illetve A tanítvány címen –, közülük csak az egyik, a második, csupán az évtized végén kerülhetett a nézők elé. Nem véletlenül születtek ezek a művek még az ún. anarcholiberalista korszakban, a szabadelvűség gondolata jegyében születtek.
A tekintély Varga drámáiban is kulcsszerepet játszik. A Péntek, Szombat, Vasárnap esetében a tekintély a lőfegyver, a primitíven fölfogott szabadság birtoklásával volt azonos. A tanítványban viszont a királyi uralom létkérdésévé vált. Jellemző, hogy Dávid király tekintélyének megmentése, a hamis látszat megteremtése érdekében gyakorol önkritikát (miként a Vargát ihlető kommunista funkcionáriusok is). Az ugyancsak mitológiai témájú Tantaloszban az író hősének istenkáromló tettét a tekintélyrombolás előtérbe állításával korszerűsíti, pedig az istenek ízlésének leleplezése többször is a legnagyobb bűnként említtetik e műben.
Varga Zoltán idejekorán tisztába jött vele: neki a belügy a külföld előtti kötelező humanista látszat miatt többet enged meg, mint másnak. Ennek ellenére volt idő, amikor közvetlenül is meggyűlt baja a hatósággal. Ezért a naplója is rendkívüli fontosságú, jóllehet eddig csupán egy kötet látott napvilágot belőle (Bábel árnyékában, 1999).