Vulkánkitörés eredményeként jött létre az oligocén (az óharmadkor fiatalabb szakasza) idején a Pannon-tenger felszíne alatt. Ebben az időben a sekély Pannon-tenger az aktív vulkanikus tevékenység régiója volt. Egymás után emelkedtek ki belőle a vulkanikus hegyvonulatok a mai közép-dunai (magyar) Alföldön, így területünkön a Kaszonyi-, Beregszászi-, Nagy-Muzsalyi- és Nagyszőlősi-hegyek. Csak egyetlen kráter nem emelkedett ki a Pannon-tengerből, a mélyből gázkitöréseket „köpködve”, a mai Szernye. Kezdetben, mint az eltűnt tenger „emlékezete”, ebben a kráterben tó alakult ki, amely a későbbiekben elmocsarasodott. A kráter mélyedését folyamatosan táplálta a Borzsa vize, deltájának akkor még legbővizűbb ágán, a Vérkén keresztül.
E mocsár első uralkodó növénytakarójából meg kell említenünk a fehér tőzegmohát. Később a moha közt megjelent a tőzegáfonya, a sás különböző fajtái, a békatutaj, a norvég pimpó, a mocsári kardvirág stb.
Még később a fa- és bokorfajták közül a fűz, a nyír, az éger és a mocsári tölgy alkotott összefüggő masszívumokat, de megtalálhatjuk a mocsári ciprus, az amerikai kőris és a szofora fossziliáit is.
A mocsár mezőgazdasági célú hasznosítása érdekében már 1771-ben megkísérelték csatornázását és lecsapolását. Ekkor a Vérke vízrendszerében kialakított csatornák segítségével vissza akarták vezetni a vízfölösleget a Borzsába.
A csak később megvalósult csatornázással a Szernye mocsári talaja s a talajjal együtt a tőzegtelepek is kezdtek kiszáradni. Ez utóbbiakat gyakran felgyújtották, s hosszú hónapokig sötéten füstölögtek.
A tüzek után a kiégett helyek feketévé váltak. Ekkor kezdték az eredeti Szernye-mocsár helyett a Fekete-mocsár elnevezést használni.
A lecsapolás után az elsődleges mocsári növényzetet mezőgazdasági kultúrák váltották fel. Gyökeres változások mentek végbe a természetes növénytakaróban. Gyakrabban tűntek fel a fűfélék, a díszparéj, a szegfűfélék és a fészekvirágzatú növények. Egyidejűleg megjelentek a nedvességkedvelő gyomok, a hegyifű, a fehér libatop stb. a mocsárterület mélyebb részein. A nedvességkedvelő növényekkel párhuzamosan szárazságtűrő fajták is elterjedtek (erdei papsajt, keserű hegyifű, gólyahír stb.).
A lecsapolt területen a mocsári növényzet pusztulásnak indult. A réti növénytársulások csak foltokban maradtak fenn. Jelenleg a kráter körzetében csak a kosbor, a harmatfű és a sás fajtái találhatóak meg. A lecsapolás során a Szernye-mocsár olyannyira elvesztette víztömegét, hogy a kultúrnövények termesztése során gyakran öntözésre van szükség.
Az ökológiai egyensúly megőrzése érdekében meg kellene állítani a mocsár további kiszáradását, valamint az itt is nélkülözhetetlen szerepű fák kivágását.
Napjainkban kutatjuk annak a lehetőségét, miként állíthatnánk vissza a kráter élővilágát. Ennek a feladatnak az érdekében elhatároztuk, hogy azokat a módszereket fogjuk alkalmazni, amelyeket negyed évszázada a Polonina Rovnán (Rónahavas) kísérleteztünk ki, amikor a mélyebbre helyeződött felső erdőhatár helyreállítására törekedtünk. Akkor sikerült teljes mértékben visszaállítani a Kárpátok gerincein az erdők és a magashegyi rétek szimbiózisát. A mocsár estében a különbséget csak a katalizátorok jelentik. A Rónahavason a tűlevelű fajtákat honosítottuk meg újra (lucfenyő, jegenyefenyő és cédrusfenyő). A Szernye-mocsár erdeinek visszaállítása során katalizátorként a lombos mocsári fajták szolgálhatnak, így a molyhos nyírfa, a mocsári fűz és a mocsári tölgy stb. Ezek mellett felhasználhatunk néhány meghonosított egzotikus fafajtát: az amerikai kőrist, a mocsári ciprust és a japánakácot.
Nem is oly rég a mocsárban megpróbálkoztak a duzzasztásos gazdálkodás megszervezésével. Ennek érdekében nagy és igen költséges halastavakat hoztak létre. A befektetett eszközmennyiség és munka azonban nem hozott eredményt. Ennek elsődleges oka e vállalkozások nem megfelelő szakmai információs felkészítése volt. A dolog lényege az, hogy az ősi kráter ma is él. Gázvegyületeket bocsát ki magából, amelyek különböző nitrátokat, foszfort, szulfátokat és más, a halak szervezete számára mérgező anyagokat tartalmaznak.
Az elsődleges növénytakaró helyreállításával párhuzamosan feltétlenül gondolni kell a mocsár vízháztartásának megjavítására. Ezt a kérdést tanulmányozva négy olyan vízutánpótlási bázist találtunk, amelyek lehetővé teszik e feladat megvalósítását. Egyet Fornos község határában, valamint a Szernye-csatorna főágát, a Beregújfalu határában fakadó forrásokat (helyi elnevezésük szerint „kutakat”) és a Kis-Borzsa vizét. A Szernye-mocsárnak e négy forrás vízanyagával való feltöltése hatásos stimulátora lehet mind a növénytakaró fejlődésének, mind a tógazdaságok beindításának. (Ismerjük ugyanis a mérgező vulkáni kigőzölgések semlegesítésének módját.) Mindent egybevetve van lehetőség ökológiailag is megbízható módon jelentős gazdasági eredmény elérésére a Szernye-mocsár térségében.